謎の生命体【イロウス】が地球に現れ戦い続けていた人類…。しかし人類は敗北し地球を追われ、コロニーへと移住を余儀なくされた。人々は神樹に選ばれた少女たち【星守】を中心にイロウスからの地球奪還の日を伺っていたある日、星守たちの通う【神樹ヶ峰女学院】の新任教師に【先生】が赴任する。【審判の日】から５年、人類VSイロウスの地球奪還授業が始まった…。